自耦變壓器的主要特點之一是一、二次繞組的電路直接連接在一起，這樣就具備了過電壓從一個電壓等級向另一個電壓等級電網轉移的可能性。例如：高壓側電網發生過電壓時，可通過串聯繞組進入公共繞組，可能產生很高的感應過電壓，使其絕緣受到危害。為了防止自耦變壓器繞組的絕緣受到過電壓的危害，在低壓繞組的出口端必須有防止過電壓的措施，即應裝設閥型避雷器保護，由于不允許自耦變壓器不帶避雷器運行，因此避雷器必須裝設在自耦變壓器和最靠近的隔離開關之間，以便當自耦變壓器斷開時，避雷器仍然保持連接狀態，且避雷器回路中不應裝設隔離開關。由于上述原因，規定自耦變壓器不準用～作安全照明的變壓器。使用時，要求接線必須正確。對于單相自耦變壓器，要求把一、二次繞組的公用端接零線，這樣使用較為安全。三相自耦變壓器的中性點也必須可靠接地或經過小電抗接地，以便當自耦變壓器高壓側電網發生單相接地故障時，在其他兩相出現過電壓。另外，自耦調壓器連接電源之前，一定要把輸出電壓手柄轉回到零位或所需要的電壓檔位上。